非合法ビジネスと決別を誓うマイケルとバチカン利権に群がる仲間たち。
ところがマイケルのファミリーのメンバーたちは、この話に金の臭いを嗅ぎつける。
インモビリアーレをマネーロンダリングの手段に使いたいと、アルテベロが幹部の話をとりまとめてマイケルに話す。マイケルは何としても非合法なビジネスから切れたいと考える。
そこでファミリーの幹部を集めて、これまでのカジノの収益金をその貢献に応じて公平に分配する会議を招集し、それを機に関係を終えようとする。
バチカンでは法王の体調が重篤で、行事はすべて中止され絶対安静の状況が続いていた。
バチカンで株主による最終の裁可の場で、一部がコルレオーネの買収に反対の意を唱える。マイケルの弁護士は法王庁の票を得て回収は決定していると説明するが、メンバーはまだ法王自身の裁可を得ていないという。
ギルディ大司教は法王の回復を待とうと言い、株主メンバーのひとりインモビリア―レの取締役会長であるルケージは、代表権を認める代わりにメンバーの言いなりになることをマイケルに強要する。
ペントハウスでのファミリー幹部の襲撃事件と、ジョーイ・ザザの最期。
ニュージャージー州、アトランティックシティ。
ホテルのペントハウスで幹部会が開かれる。マイケルは幹部たちとの関係に終わりを告げカジノの配当金を公平に分配する。この采配に不満を示すジョーイ・ザザは幹部の面前で礼を失する発言をする。
そしてマイケルにつくか、自分につくかの言葉を残して立ち去った。ザザの後見人のアルテベロは、彼をたしなめるために後を追った。
しばらくするとペントハウスが揺れ出し天井を突き破りマシンガンが乱射される。ファミリーの多くの幹部が銃弾に倒れた。ヴィンセントの助けをかりて命からがらマイケルは抜け出す。
テレビは事件を大きく報じ非合法な組織から足を洗おうとしたマイケルは引き戻される。大規模な幹部襲撃事件の真相が見えないまま、マイケルは持病の糖尿病の発作がおこる。その中でドン・アルテベロが黒幕であることを直感する。
ヴィンセントはマイケルの仇を討つべく祭りの雑踏の中、ジョーイ・ザザを撃ち殺す。勝手な判断に怒るマイケルだがヴィンセントもコニーもネロもマイケルのためをと思ってやったことだった。
マイケルはヴィンセントに血の気が多く理性を失った父ソニーと同じようなことのないように、そして娘のメアリーと付き合うことをやめるように諭した。
幹部襲撃とバチカンの買収劇の両方を操る黒幕、ルケージ。
マイケルはシチリアを訪れ、ファミリーの後見役であるドン・トマシーノに会う。トマシーノはマイケルが若い頃、ソロッツオ殺しの件で匿ってくれた信頼のある父の代からの友人だった。
マイケルは幹部たちを殺戮した血の襲撃と、バチカンの両方に影響力を持つ人間についてトマシーノに訊ねる。トマシーノはルケージなら可能だと語る。
イタリアの政治家のルケージ、銀行家のカインザック、バチカンのギルディ大司教、そこを仲介するアルテベロ。マイケルはすべてが繋がった。
ただバチカンが相手では手が出せない状況である。法王庁で味方になってくれる人物、頭が良くて信頼でき顔が広いランベルト枢機卿を引き入れて解決の道を探るしかないと考える。
マイケルはヴィンセントをアルテベロのもとに囮として潜入させて内状を探らせる。
ヴィンセントは「メアリーとの仲でマイケルとこじれている」とアルテベロに相談する。そしてアルテベロの懐に入りドン・ルケージを紹介され、ザザを使っていたのも彼らが黒幕だったことが判明する。
ルケージは「金融はガンで、政治は引き金だ」と説明しヴィンセントを迎える。
そしてドン・アルテベロは執拗にマイケルの暗殺を企てる。
マイケルはバチカンで懺悔し、ランベルト枢機卿に神の救いを求める。
マイケルはギルティ大司教を信頼して、裏切られたことをランベルト枢機卿に相談する。
マイケルは「ギルティ大司教が、銀行を通して政治に資金を流している」と話す。ランベルト枢機卿は「ヨーロッパも長くキリスト教に浸っていても、精神は中に浸みこんでいない」と言う。
ランベルト枢機卿の薦めで、マイケルは懺悔をする。妻を裏切ったこと、自身が殺人を犯したこと、部下に命じて実の兄を殺したこと・・・
そしてしばらくして病床にあった法王パウロ６世は逝去した。
マイケルは神に懺悔したことをコニーに告げる。マイケルはランベルトを「真の聖職者」だと言い、コニーは「フレドは神に召されたのだ」と言ってマイケルに家族の愛を誓う。
秘かにアルテベロは、シチリアの凄腕の殺し屋のモスカ親子と接触する。
初めてケイがシチリアに訪れ、マイケルの系譜を辿り過去を思い返す。
ケイはパレルモでのアンソニーのオペラのデビューを観るためにシチリアを訪れる。
初めて足を踏むその地こそは、マイケルの父ヴィトーのコルネオーレの村だった。
「シシリーにいるのは危険では」と問うケイに対して、マイケルは「シシリーが好きだ、この国が好きだ、昔からここの人間たちは辛酸をなめてきた、不正に喘いだ。なのに不幸ではなく、幸せが来ると信じている。」と言う。
ケイは「私たちみたいに」とそっと返す。
マイケルは「この道を歩むつもりなど無かったが、父親を助けるため、家族や子どもを守るため生きてきたと話す。そして結局、最も愛するきみを失ってしまった。自分は違う人生を夢見ていた」としみじみ話す。
ケイも「今でもマイケルを愛している」ことを話す。そして「子どもたちもあなたを愛している、特に、娘のメアリーは」と言う。
ランベルトが新法王に、マイケルはヴィンセントにファミリーを継承する。
そこにドン・トマシーノがモスカ親子に暗殺されたとの報が入る。
悲しみに沈むマイケルと復讐の命令を待つトマシーノの部下たちの鎮魂、やはりマイケルは裏世界から抜け出せていないことを知るケイ。
コンクラーヴェでランベルト枢機卿は新法王に選ばれてヨハネ・パウロ１世となった。ランベルト法王は積極的に改革を行うと宣言し迅速に動き出した。
“銀行界のドン、カインザックが行方不明に、多額の現金と重要書類も紛失”と新聞は報じる。バチカン銀行に対する疑惑が浮上する。
マイケルはトマシーノの棺に涙する。ヴィンセントはすべての黒幕はルケージで、アルテベロやギルディ大司教を操り、政界の上層部に勢力をめぐらし采配を振るっていることをマイケルに報告する。
マイケルはすでに精神と肉体の両面において限界に来ていることを気づき決心する。
マイケルはヴィンセントにドンの座を継承する。そしてメアリーの思いを断ち切ることを約束させる。
マイケルに向けられる刺客と、バチカンの策略に報復する血の粛清。
パレルモのオペラハウスでアンソニーのデビューが始まる。大勢の観客にまぎれて、殺し屋のモスカ親子も忍び込んでくる。
ドン・アルテベロは名づけ親のコニーから誕生日のお祝いに、手づくりのお菓子をプレゼントされる。
マイケルは新たな法王がインモビリアーレの契約裁可を行ったことを聞き、思わぬ進展を喜ぶ。ヴィンセントはマイケルを守るために厳重な警護の体制を敷く。
メアリーがヴィンセントのもとを訪れるが、マイケルの言葉通りにメアリーと別れることを告げる。
ヴィンセントはメアリーに言う「きみとは違う道をいく、おれを忘れろ」と。
そしてヴィンセントの命を受けて殺しの粛清が始まる。
金を横領して行方をくらませたスイスの銀行幹部カインジックを窒息死させ、首吊り自殺を装う。ネリはバチカンに行きギルディ大司教を教会の中で、銃を放ち螺旋階段から突き落とす。カロはドン・ルケージのもとへ「マイケルからのメッセージだ」と言って、ルケージの眼鏡をつかみその柄で首を突き刺し殺す。
しかし会場にも刺客がせまってくる。モスカ親子によってヴィセントの部下たちが次々に殺されていき、いよいよ銃口はマイケルを標的に狙う。
同時に、バチカン教会でも新法王に危険が迫っていることを内通者から報告を受ける。
そして新法王は大司教ら敵の手で毒をもられて殺害される。
高鳴るオペラのクライマックスの中、アルテベロはコニーが贈った毒入りの菓子を食べながらゆっくりと永い眠りにつく。
娘メアリーが死に、慟哭するマイケル。後年のシチリアでの孤独な最期。
アンソニーのオペラは大盛況で終わり、礼賛を受けオペラハウスの階段を降りて行く。
ケイもマイケルもメアリーも、アンソニーを誇らしく称える。
その時、賑やかな歓声の中を銃声が突き抜ける。モスカ親子の放った銃弾が、マイケルの胸に命中する。そして2発目の銃弾は、ヴィンセントのことでマイケルに駆け寄ったメアリーの胸に命中する。
メアリーは「パパ」とひとこと言って、その場にくずれ落ちます。
マイケルは最愛のメアリーを失う、驚愕し狂ったように慟哭するマイケル。
そして数年後、マイケルは静かにゆっくりと追憶と孤独のなかで死んでいきます。
